Niezastosowanie mechanizmu podzielonej płatności w przypadku, gdy jest on obowiązkowy, wiąże się z ryzykiem otrzymania dotkliwej grzywny. Kara grozi nie tylko za rozliczenie się z pominięciem rachunku VAT. Sankcjonowane jest także wystawienie faktury bez dopisku o stosowaniu takiej płatności.
Zapłata za towar lub usługę z zastosowaniem mechanizmu podzielonej płatności (tzw. split payment) odgrywa kluczową rolę w uszczelnianiu systemu poboru podatku VAT.
Mechanizm podzielonej płatności polega na tym, że część ceny odpowiadająca wartości sprzedaży netto jest płacona przez nabywcę na rachunek dostawcy (bądź też podlega rozliczeniu w inny sposób), a kwota VAT od danej transakcji wpływa na rachunek VAT. Taki rachunek funkcjonuje w powiązaniu z bankowym kontem rozliczeniowym przedsiębiorcy lub prowadzonym dla celów działalności gospodarczej rachunkiem w SKOK. Mechanizm podzielonej płatności jest od 1 listopada 2019 r. obowiązkowy w przypadku sprzedaży usług i towarów wymienionych w załączniku nr 15 do ustawy o VAT, gdy kwota należności ogółem z faktury przekracza 15.000 zł, a sprzedawca i nabywca są podatnikami VAT. Dotyczy to w szczególności płatności za: paliwa, stal, węgiel, złom, odpady, smartfony, tablety czy usługi budowlane. Faktura dokumentująca taką transakcję musi zawierać dopisek "mechanizm podzielonej płatności".
Niedopełnienie opisanych obowiązków może skończyć się odpowiedzialnością karną skarbową. Podatnik, który wbrew wymogowi dokona płatności kwoty należności wynikającej z faktury z pominięciem mechanizmu podzielonej płatności, naraża się na grzywnę do 720 stawek dziennych. Obecnie może ona wynieść do 21.600.000 zł. Faktura bez obligatoryjnych wyrazów "mechanizm podzielonej płatności" traktowana jest natomiast jako wadliwa - ponieważ nie zawiera wszystkich wymaganych prawem elementów. Karą za wystawienie wadliwej faktury jest grzywna do 180 stawek dziennych. Obecnie oznacza to jej wymiar w wysokości do 5.400.000 zł. Sprawy mniejszej wagi traktowane są jako wykroczenia skarbowe. Grzywna za wykroczenie skarbowe popełnione w bieżącym roku wymierzana przez sąd wynosi od 225 zł do 45.000 zł, a nakładana mandatem karnym - do 4.500 zł. Warunkiem ukarania za opisane przewinienia jest przypisanie sprawcy winy umyślnej. Oznacza to, że sprawca musi mieć zamiar dokonania czynu zabronionego, tj. chce go popełnić albo przewidując możliwość jego popełnienia, godzi się na to.